自然资源部第二海洋研究所创建于1966年，是一座学科齐全、科技力量雄厚、设备先进的综合型公益性海洋研究机构。主要从事中国海、大洋和极地海洋科学研究；海洋环境与资源探测、勘查的高新技术研发与应用。全所现有5个重大研究领域和19个重点研究方向，建有自然资源部系统内唯一的卫星海洋环境动力学国家重点实验室和三个自然资源部重点实验室，与浙江省共建有浙江省海洋科学院。此外，二所还建有海洋检测中心、海洋标准物质中心等技术服务机构和技术支撑体系，在临安建有科技研发基地。

现有在职职工400余人，其中中科院院士2人，工程院院士3人，省特级专家4人，正高级专业技术人员93人，副高级专业技术人员177人，形成了一支院士领衔，杰青、优青、万人计划等国家级人才领军的高素质科技人才队伍，并入选国家创新人才培养示范基地。

海洋二所在浙江舟山长峙岛建有具备服务深海大洋勘探开发能力的装备研发基地。共建有一条4500吨级的海洋综合科考船——向阳红10，于2014年3月入列国家海洋调查船队。同时，配建、运营的“大洋号”新一代大洋综合资源调查船于2019年12月入列。

海洋二所目前拥有国家级海洋工程勘察甲级证书、海洋工程设计甲级证书和海洋测绘甲级证书等资质，通过了国家计量认证的资质认定和国际质量管理体系ISO9001∶2015标准认证，主编出版海洋综合性国内学术核心期刊《海洋学研究》。

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